деревня Богдановка, село Большое Никольское, поселок Большие Никольские Выселки, село Бондари, деревня Бычки, село Вердеревщино, село Верхнее Нащекино, деревня Волхонщино, деревня Горки, село Городище, село Граждановка, деревня Грибоедово, деревня Гусевка, деревня Ерзовка, посёлок Заречье, село Земятчино, деревня Зиминка, деревня Знаменка, деревня Ивановка, село Казывань, село Керша, деревня Комаровка, село Коровино, село Кривополянье, село Куровщино, село Максимовка, село Малое Гагарино, село Митрополье, село Нижнее Нащекино, деревня Низовка, посёлок Озерный, деревня Павловка, село Пахотный Угол, посёлок Пахотноугловское Лесничество, посёлок Первомайский, деревня Плетни, село Прибытки, деревня Свищевка, деревня Смольная Вершина, посёлок Смольный, посёлок Советский, посёлок Степной, посёлок Строительный, деревня Трубниково, деревня Усово, деревня Федоровка, деревня Хмелина, деревня Старое Челищево, деревня Чернавка, село Шача Молоканская, село Шилово; 

НАСЕЛЁННЫЕ ПУНКТЫ, ФОРМАЛЬНО ВХОДЯЩИЕ В СОСТАВ БОНДАРСКОГО РАЙОНА, НО ФАКТИЧЕСКИ НЕ СУЩЕСТВУЮЩИЕ: посёлок Ивановский, посёлок Красный Восток, деревня Никифоровская Шача, посёлок Новое Беклемищево, деревня Шишкино.